পাঁচ টন পর্যন্ত পণ্য বহনে সক্ষম ট্রাকের টোল নির্ধারণ করা হয়েছে ৪০০ টাকা। আট টনের ট্রাক পারাপারে ৫০০ টাকা এবং ১১ টনের ট্রাকে ৬০০ টাকা টোল দিতে হবে। তিন এক্সেলের ট্রেইলারে টোল লাগবে ৮০০ টাকা। চার এক্সেলের ট্রেইলারে দিতে হবে এক হাজার টাকা। পরবর্তী প্রতি এক্সেলের জন্য বাড়তি ২০০ টাকা দিতে হবে।

এদিকে কর্ণফুলী আমানত শাহ সেতুর তুলনায় যানবাহনের শ্রেণী অনুযায়ী বঙ্গবন্ধু টানেলে আড়াই থেকে ছয় গুণ টোল দিতে হবে। আমানত শাহ সেতুতে প্রাইভেট কারের টোল ৭৫ টাকা। সেতুতে ৩১ আসনের কম বাসের টোল ৫০ টাকা। টানেলে তা ৩০০ টাকা। ফলে ১০ হাজার ৩৭৪ কোটি টাকা ব্যয়ে নির্মিত এই টানেলকে প্রযোগিতায় পড়তে হবে সেতুর সঙ্গে। যদিও সেতুর তুলনায় টানেলে কম সময়ে যানবাহন পারাপার হতে পারবে।

বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান টানেলের সম্ভাব্যতা সমীক্ষার তথ্য অনুযায়ী, টানেল চালু হওয়ার পর ২০২৫ সালে গড়ে প্রতিদিন ২৮ হাজার ৩০৫টি যানবাহন চলাচল করবে। এ ছাড়া ২০৩০ সালে যানবাহন চলাচলের প্রাক্কলন করা হয়েছে ৩৭ হাজার ৯৪৬টি এবং ২০৬৭ সালে যানবাহনের লক্ষ্যমাত্রা ধরা হয়েছে প্রতিদিন গড়ে ১ লাখ ৬২ হাজার।